人体解剖学的发展和其他自然科学一样，是前人在漫长的历史过程中不断地探索、实践和积累而发展起来的。解剖学知识可从古代中国、印度和埃及的一些书籍中见到，这些知识也仅是当初在祭祀、狩猎屠宰和战争负伤时偶然观察获得。当时搜集有关人体结构知识的主要动机是以研究和治疗人体疾病为目的，后来才发展为专门的学科。

我国文化历史悠久，远在春秋战国时代（公元前200-300年）最早的一部医学著作《皇帝内经》就有关于人体形态的记载。秦汉时代如《汉书·王莽传》记载，对死囚的尸体进行实地解剖，并进行记录。三国时期名医华佗不但擅长医术，而且对人体结构有较深的了解，能用麻醉剂施行外科手术。晋代针灸大为发展。王叔和著《脉经》和皇甫谧著《甲乙经》有许多内脏度量衡的记载。宋代针灸学家王唯一，分脏腑十三经和旁注腧穴铸造针灸铜人，是人体模型的创始。宋代宋慈著《洗冤录》，对人体骨骼及胚胎等有较详细的记载，并附有检骨图。清代王清任著有《医林改错》一书，对古医书中的错误进行订正，尤其对内脏的记载甚详。但是，由于长期封建社会制度和儒家思想的束缚，解剖学的研究未能得到较快的发展，人体解剖学在近代大大落后于欧美，1930年我国出版了较早的一本解剖图谱。

西方医学对解剖学的真确记载，是从古代希腊名医希波可拉底（Hippocrates，公元前460-377）开始的。他对头骨作了正确的叙述，但却把神经和肌腱混淆起来。希腊的另一位学者亚里士多德（Aristotle，公元前384-322）是动物学的创始人，他把神经和肌腱区别开来，指出心是血液循环的中枢，血液自心流入血管。但他把动物解剖所得的结果移用于人体。盖仑（Galenus, 130-200）是古罗马的著名医生和解剖学家，写了许多关于医学和解剖学的著作，指出血管里保存的血液，而不是空气，发现脊神经是按区域分布的。但他研究的材料只限于动物。在中世纪宗教统治一切的时代绝对禁止解剖人的尸体，以致解剖学上的一些错误见解达千余年之久。15世纪文艺复兴以后，科学和学术进入到独立研究和创作的新时代，人体解剖学也有了巨大的发展。具有科学家和艺术家之称的达芬奇（Leonardo da Vinci, 1510），也曾解剖过尸体，并留下人体解剖的草图。这一时期最有代表性的人物是比利时的医生维萨里（A. Vesalius, 1514-1564），他是近代解剖学的创始人，于1543年出版了《人体的构造》巨著，创立并奠定了人体解剖学的基础。17世纪哈维（W. Harvey, 1578-1657）发现了血液循环的原理。马尔丕基（M. Malpighi, 1628-1694）证明了动脉与静脉的沟通，并进一步研究了动、植物的微细构造。19世纪达尔文（C. Darwin, 1809-1882）的《物种起源》和《人类起源和性的选择》，为探索人体形态结构的发展规律提供了理论基础。扎果尔斯基（1764-1846）提出功能决定器官形态的见解。这些早期的研究者们都对解剖学的发展作出了卓越的贡献。

进入二十世纪，医学的发展又促进了解剖学研究的深入。随着胸外科、肝外科等各种内脏外科手术的开展，对器官内血管和管道等的形态研究提出了新的要求；电脑辅助的X-线断层图（Computed tomography，简称CT）和超声断层图的应用，也对断面解剖学提出了新的要求；随着血管缝合手术的提高以及显微外科的开展，显微外科解剖学应运而生。人体解剖学在各种新理论、新技术的开发和应中中不断地发展着。尤其是近数十年来，由于生物力学等边缘学科的建立与发展，解剖学等形态学的研究逐渐向综合性学科转化，一些新兴技术如示踪技术、免疫组织化学技术、细胞培养技术、原位分子杂交技术、基因操作、光遗传学、三维立体重塑、脑透明化等技术在形态学研究中被广泛采用，使人体解剖学这个古老的学科唤发出青春的光彩。而神经解剖学，作为人体解剖学的一个重要分支更是有了突飞猛进的发展，催生了神经生物学、神经科学、脑科学等综合性的新生学科。